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雄心勃勃!《自然》:史上规模最大的癌症基因组测序来了!

来源:5dai5.com 发布时间:2020-02-13 12:17 标签:论文基因癌症编码DNA
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  自从2001年第一个人类基因组测序以来,对肿瘤进行全面的基因组特征描述就成为了癌症研究人员的主要目标。在《自然》杂志最新一期刊载的6篇论文中,全基因组癌症分析(PCAWG)联盟提出了迄今为止最全面、最雄心勃勃的癌症基因组分析计划。

  该项目涉及来自4大洲的744个附属机构的跨学科科学家小组,他们被分成16个工作组,每个工作组专注于癌症基因组学的不同方面——例如评估突变的复发,或推断肿瘤的进化。

  该协会总共对38种肿瘤进行了综合分析。该小组对2658个全癌基因组进行了测序,同时对来自相同个体的非癌细胞样本进行了比对。这些数据由1188个转录组(肿瘤中RNA转录的序列和丰度)补充。

  本论文第1篇概述了PCAWG数据集的广度和深度,其他5篇论文分别对数据集的不同方面进行了更详细的研究。

  例如,在第2篇论文中,科学家开始识别非编码DNA中的遗传驱动因素。他们的成果对此前报道过的非编码驱动——如长链非编码rna NEAT1和MALAT1构成了质疑——也揭示了新的非编码驱动。例如,作者报告了肿瘤抑制基因TP53的一个非编码区域的反复突变。

  在第3和第4篇论文中,科学家的关注点集中在了称为“签名”(signature)的基因组畸变上。DNA修复机制存在缺陷等情况会产生这些DNA畸变的特征模式。如果要细化已知的突变特征并发现新的突变特征,大型基因组数据集是至关重要的。

  令人印象深刻的是,相关研究一共识别了97个签名,不仅向以往那样研究了传统的单核苷酸签名,还包括涉及多核苷酸变体和DNA小插入或删除的签名。

  在最后1篇论文中,PCAWG转录组核心组利用1188个与转录组数据匹配的PCAWG样本,在功能上将DNA和RNA的改变联系了起来。

  这6篇论文,连同其他地方共同发表的论文,代表了癌症和云基因组学的一个里程碑。

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